Node-код в примере некорректен по отношению к поставленной задаче:

for (var i = 0; i < 100000; i++) {
  connection.query(
    'SELECT * FROM dreg_document', 
    function(error, result, fields){}
  );
}

Тут просто в синхронном цикле вызывается 100000 асинхронных запросов БЕЗ ожидания их завершения. Просто 100000 раз кинули запрос и закончили работу программы подсчитав время. Автор вопроса не понимает как работает node.js и в связи с этим неверно трактует полученный результат. Если ожидать каждого ответа на запрос к SQL-серверу, то результат будет совсем другим.

Уже второй год у моего клиента работает система информатизации производственных процессов на оконном производстве (евроокна). Задачи системы:
— демонстрация технологических карт изделий на участках конвейера;
— фиксирование операций с изделиями;
— предоставление в реальном времени данных о состоянии отдельных изделий и в целом состояния производства;
— аналитика выработки на участках и конкретными сотрудниками;
— учёт контроля качества;
— складской учёт готовых изделий и стеклопакетов;
— планирование графика отгрузки со склада;
— автоматическое уведомление клиентов о готовности заказа по SMS;

Все интерфейсы системы реализованы как реалтайм веб-приложения использующие Socket.io.

Система писалась на NodeJS версии 0.6, потом была переведена на 0.8 и сейчас уже на 0.10. С переходом проблем не было.
Максимальный аптайм NodeJS процесса системы который удалось наблюдать — 112 дней. Утечек памяти за это время не зафиксировано.

Для меня после разработки такого решения, вопрос о серьёзности NodeJS больше не стоит. Сам был убеждённым перлистом. Сейчас ни на чём кроме NodeJS писать нет желания.

Прекратить пользоваться этим раскрученным маркетологами г-ном.

Могу предположить, что процесс падает из-за разрыва соединения по таймауту со стороны mySQL если длительное время не было активности на подключении. В этом случае исключение имеет следующий вид:

Error: Connection lost: The server closed the connection.
    at Protocol.end (*path_to_project*/node_modules/mysql/lib/protocol/Protocol.js:103:13)
    at Socket.<anonymous> (*path_to_project*/node_modules/mysql/lib/Connection.js:88:28)
    at Socket.emit (events.js:117:20)
    at _stream_readable.js:944:16
    at process._tickCallback (node.js:442:13)

Лечится выставлением таймаута для подключения к mySQL вручную:
mysqlConnection.query("SET SESSION wait_timeout = 604800"); // 7 days timeout

А вообще конечно надо запускать node-процесс под супервайзером (pm2, forever, supervisor) и заворачивать поток ошибок в соответствующий error.log. Там сразу будет видно с каким исключением завалился процесс. В противном случае с такими вопросами обращайтесь на битву экстрасенсов.