Появятся ли какие-нибудь не очевидные проблемы, если вынести /tmp в оперативную память?
нет, всё норм, есть дистрибутивы где так по дефолту сделано.
что это же каждый день будет гарантированно выедать по примерно 4-5 гигабайт ресурса ssd
и что с того? Это смешно, SSD выдерживает дофига перезаписи.
Сколько не размеченной области оставлять или не оставлять?
не оставлять. Не, ну если денег столько, что можно себе позволить купить SSD огромный и оставить пустое место, то пожалуйста, но у большинства таких денег нет.
Раздел /boot форматировать в ext2 или ext4?
А UEFI нету что ли? Удобная штука, и вопрос "во что форматировать" отпадает, т.к. для него раздел с загрузчиком должен быть в FAT.
Какие системные каталоги лучше замонтировать на обычный диск?
забей, ничего там в системе не создает дофига нагрузки, даже если каждый день обновляться. Если всё влазит на SSD - пусть лежит на SSD.