У вас в логе есть такие строки:
Feb 4 06:18:19 ubuntu-server systemd[1]: Reloading.
Feb 4 06:18:19 ubuntu-server systemd[1]: Stopping My Service...
Feb 4 06:18:19 ubuntu-server systemd[1]: myservice.service: Succeeded.
Feb 4 06:18:19 ubuntu-server systemd[1]: Stopped My Service.
Feb 4 06:18:19 ubuntu-server systemd[1]: Stopping MySQL Community Server...
Feb 4 06:18:20 ubuntu-server systemd[1]: mysql.service: Succeeded.
Feb 4 06:18:20 ubuntu-server systemd[1]: Stopped MySQL Community Server.
Feb 4 06:18:20 ubuntu-server systemd[1]: Reloading.
Они говорят нам о том, что кто-то вызвал systemctl daemon-reload (а эту команду вызывают, когда редактируют файлы юнитов), а потом кто-то специально запустил остановку myservice и mysql сервисов. Соответственно никакая автоматизация вам тут не поможет, смотрите, кто логинился на сервер в это время, и спрашивайте у этого человека, что он редактировал и зачем останавливал ваше приложение.
P.S. от рута запускать код на питоне, да еще и с сетью работающий, судя по зависимостям - плохая идея. Выглядит так, будто у вас нет в компании сис.админа, который бы вам настроил нормально всё.