Если линукс современный, с systemd, то есть там команда "systemctl reboot". У неё есть опция --force, что вам и нужно похоже. А еще есть --when, через которую можно указать время.
Если линукс старый, то там shutdown команда должна быть. С ней то, что вам нужно, делается как "shutdown -r now".