1) А sudo-то нафига?
2) во втором случае (который работает) ты копируешь с удаленного сервера все файлы внутри папки к себе в папку. В первом случае ты хочешь скопировать локальную папку в удаленную. В итоге-то в чем проблема, в том, что не копируется с локального компа на удаленный, хотя наоборот - копируется? А случаем не в том ли дело, что ты копируешь домашнюю папку юзера под этим же самым юзером? А писать в /home на удаленной машине у юзера прав нет, потому что в /home по умолчанию может писать только root. Ты попробуй scp в /home/user/tmp например залить, а потом уже локально на той машине переместить файлы.