В нагрузке на процессор учитывается нагрузка на диск, при этом в top на процессах вы этой нагрузки не увидите, нужно смотреть параметр wa (это iowait). Также есть утилита iotop. В заббиксе на графике CPU Utilization нагрузка от приложений выделяется синим, нагрузка на диск - жёлтым. Так что если видите жёлтый пик - это диск. В целом такие скачки не являются чем-то из ряда вон выходящим, ОС может свопить, например. Или скрипты сбрасывают результаты работы на диск блоками, при этом диск нагружается. Ещё, если это виртуалка (а это с большой вероятностью виртуалка), на гипервизоре может тормозить диск, тогда и у вас будет тормозить диск, но причину этих тормозов из виртуалки вы не увидите.