Неважно, внешний диск или нет. Важно, какая там файловая система. Раз речь про chmod - у вас видимо линукс, ну так вы диск отформатируйте в любую линуксовую файловую систему, которая умеет в права (то бишь практически в любую современную). Только учтите, что такой диск нельзя просто так будет выдёргивать, не отмонтировав предварительно.