Pongo

Если чисто по коду, сам гит у меня лежит в корневой папке WordPress. `.gitignore` файл выглядит примерно вот так:

# PHPStorm
.idea

# WordPress
*.log
/wp-*.php
/index.php
/xmlrpc.php
/license.txt
/readme.html
/sitemap.xml
/sitemap.xml.gz

/backup*

wp-admin/
wp-includes/

wp-content/*
!wp-content/themes/
wp-content/themes/*

!wp-content/plugins/
wp-content/plugins/*

!wp-content/themes/ei/
!wp-content/themes/ei-child/

!wp-content/plugins/realty-export

# Frontend tools
wp-content/themes/ei-child/node_modules/

т.е. Вы по умолчанию игнорируете все кроме того, что нужно. По мере разработке можете добавлять или убирать папки.

По бэкапам.
Бекап делаю через плагин BackUpWordPress (очень удобная вещь, можно делать бекапы всего сайта и базы по расписанию, Вам на почту приходит письмо с ссылкой на скачивание бекапа), экспорт базы на другой сервер делаю с помощью WP Migrate DB (он не просто заменяет пути в базе но и правит под них сериаллизованые массивы, таким образом некоторые настройки не слетают). Знаю что можно все делать через wp-cli, но он далеко не на каждом сервере стоит, и так уже привычнее. Мне обычно чтобы слить клиентский сайт для работы на локалке даже фтп не нужен, только доступ в админку.

При работе с сервером заливаю файлы прогой WinSCP, она может как FTP так и SFTP, так же умеет синхронизировать папки (заливать только то, что изменилось), на крупных проектах настраиваю синхронизацию в PHPStorm.

Да точно так же, как управляешь рабочими процессами:

1. определить цели и приоритеты
   
2. обозначить шаги и контрольные точки
   
3. придерживаться плана
   

Если нет времени/сил/информации/чего-то-ещё, значит задача №1 - высвободить или восполнить недостающие ресурсы. Если они под завязку в работе, значит опаньки - пришло время поразмыслить над образом своей жизни.

Обычно в разных коллекциях выкладывают картинки и делают упор на дизайн, т.е. текст писем придется самому анализировать.
Вот единственная коллекция с текстами, про которую я знаю, буду благодарен, если подскажете еще:
www.goodemailcopy.com

Вот несколько коллекций с примерами дизайнов писем:
https://www.mailcharts.com/
https://www.campaignmonitor.com/email-templates/
emailsfresh.com
www.htmlemailgallery.com
htmlemaildesigns.com
beautiful-email-newsletters.com
email-gallery.com

Ссылки на отписку должны быть в теле письма и в заголовке List-Unsubscribe.

В теле письма отписку можно делать с дополнительной кнопкой, т.к. помимо ботов, которые потенциально могут валидировать ссылки, существует еще link prefetching, который в некоторых браузерах/плагинах работает для всех ссылок. И вообще обычно считается, что GET-запрос не должен менять состояние сервера.

В List-Unsubscribe отписка однозначно не должна требовать никаких дополнительных действий.

1) Честно говоря опенсорсных менеджеров списков рассылки вменяемых я так и не нашел.
Из интересных платных — есть InterSpire Email Marketing Software (http://www.interspire.com/emailmarketer/ ) или ActiveCampaign Email Marketing (http://www.activecampaign.com/onsite/). Лично мне второе нравится больше.

2) Вести рассылку поочерёдно — плохая идея, потому как IP время от времени набирает репутацию. Чем больше репутация — тем больше входящих писем/сек приймет удалённый сервер. Если шлёте спам (или купили/украли/етц списки — то в спам попадёте рано или поздно — как правило сразу).

3) Для массовых рассылок все ваши IP долны имень обратную DNS запись (PTR Record, Backresolve)
4) Все ваши IP должны быть зарегистрированы через Feedback Loop с массовыми провайдерами эл. почты
5) Вы должны использовать SPF/SenderID записи для Вашего домена и не менять Ваш домен
6) У вас должен быть всегда читаемым Ваш адрес abuse@ваш_домен.ру
7) Вы должны использовать DKIM/Domainkeys цифровые подписи для всех Ваших исходящих писем
8)… и желательно DMARC для мониторинга всего этого
9) Вы должны предоставлять пользователю возможность отписаться от Ваших рассылок в 1 клик (как правило, используется List-Unsubscribe: заголовок с mailto:// или http:// — https:// ссылками). Кликнул на ссылку — сражу же без вопросов отписался.
10) У вас должны быть прозрачная и доступная Privacy Policy
11) Для массовых рассылок вы не должны использовать анонимайзеры в Whois для Вашего домена. т.е. любой, сделав whois ваш_домен.ру должен увидеть актуальный адрес, имя влядельца, телефон и емейл владельца домена. Если такого нет — репутация у вас будет не очень и залетите в спам

… ну это так — краткий список.

P.S.: Могу помочь за определённое вознаграждение настроить систему.

Смешались в кучу конилюди.

1. Никто не делает большие рассылки PHP-мейлером. Используется, например, скрипт, который генерирует письма и ставит их в очередь MTA и в дальнейшем письма рассылаются MTA (при правильной конфигурации, например, Postfix разослать миллион писем с одной машины за несколько часов не проблема). При необходимости скрипт запускается в несколько потоков / на нескольких машинах. Еще чаще вместо локального MTA используется API поставщика услуг электронных рассылок (ваши представления о нем не верны, просто вы не умеете им пользоваться), т.к. миллион писем от вас не примет ни одна почтовая служба, пока вы не накопите нормальную репутацию.
2. Пользователи сегментируются. Чем сильней сегментируются - тем лучше. В первую очередь по активности, если пользователь год не заходил на сайт, а вы ему каждую неделю что-то шлете - ваши письма почти наверняка окажутся в спаме. Так же возможно сегментация по полу, возрасту, географии, уровню дохода, новый пользователь / постоянный пользователь / уходящий пользователь / потерянный пользователь. По сегментам определяется частота и типы рассылок.
3. Рассылки персонализируются с учетом предыдущей активности пользователя и его сегментов.
4. Рассылки сплит-тестируются. Выбираются наиболее эффективные.
5. Рассылки триггерятся. Спамить пользователя раз в неделю давая ему простыню со списком товаров малоэффективно. Гораздо эффективней зацепить его в определенный момент времени конкретным предложением. Например если мужчина покупал что-то женское (духи, цветы, кофеты) - напомните ему об этом ровно через год и предложите что-то, что может хорошо сочетаться (обновлять, дополнять, заменять) с первой покупкой. Если он покупал подарок для новорожденного - предложите через год подарок для годовалового ребенка. Дни рождения и прочие знаменательные даты любят повторяться. Если он покупал велосипед, потом через месяц что-то к нему - предложите еще через месяц (к следующей ЗП) скидку на еще какой-то аксессуар именно к этому велосипеду (если велосезон еще не окончен, разумеется). Хорошее предложение должно приходить не раз в неделю, а тогда, когда оно наверняка заинтересует.

P.S. почитайте материалы по e-mail маркетингу.

1. Изучить рекомендации по рассылкам у крупных почтовых сервисов (Google, Yandex, Mail.ru). При подготовке писем для рассылки строго следовать их рекомендациям.
2. Зарегистрироваться в postmaster.yandex.ru, postmaster.mail.ru, чтобы следить за ходом рассылки писем.
3. Отлавливать недоставленные письма, убирать их из листов рассылки, дабы не мусорить.
4. Сделать механизм отписки от рассылки (это один из критериев пункта 1), причем 100% работающий в один клик.
5. Мониторить нажатие кнопки "Спам" в вышеуказанных почтовых сервисах, также сразу исключать их из будущих рассылок.

1к подписчиков - это мелочь. Можешь пробовать отсылать сразу все письма на свой почтовый релей (для 1к хватит и одного релея), даже почти дефолтно настроенный MTA будет рассылать с нужными интервалами.

Обязательное условие - соблюдать все почтовые правила и не пренебрегать цифровыми подписями - SPF, DKIM, DMARC, правильные записи в DNS (A, MX, PTR).

Если поддержка в браузерах устраивает, то достаточно WebSocket.
stackoverflow.com/questions/10028770/html5-websock...

При каком из вариантов нагрузка на сервер будет наименьшей?

Без сомнений опять же WebSocket. Вот например ребята замеры сделали - уменьшение используемого трафика в сотни раз:

https://www.websocket.org/quantum.html

Никто не отменял ES5. В ES6 добавили несколько новых возможностей. Если у вас есть хороший учебник/курс по ES5 - смело можете пользоваться.