Основная проблема в таких ситуациях - сделать саму копию, поскольку пользователи работают постоянно.
Для этого применяется штатный механизм теневого копирования NTFS.
Делаете теневую копию прямо во время работы пользователей, упаковываете ее в архив, и любой консольной утилитой отправляете в нужное вам облако.
Есть и софт для бэкапа поддерживающий теневое копирование и работу с облаками, но скриптом получается более гибкое решение.
Теневые копии делаются обычно штатными средствами ОС, для сжатия используются архиваторы вроде rar, 7z, zpaq.
Для отправки в облако ищите консольный клиент под данное облако например для Google Drive есть
https://github.com/gdrive-org/gdrive, для MEGA есть
https://megatools.megous.com/ и.т.д.