Вероятнее всего словили обновление винды, которое прошло не совсем корректно, в итоге задания запланированные на запуск срабатывают не так как надо.
Попробуйте откатить назад систему - это так если не вникая.
Если захочется поковырятся - делайте трассировку загрузки, изучайте запланированнве задания, и текущие процессы.
Если откроете монитор ресурсов - то скорее всего увидите длинную очередь к диску.
Если есть желание не сталкиваться с такими проблемами - ставьте SSD, от проблем он не избавит, но все это будет происходить очень быстро и незаметно.
Ну и да- SMART жесткого диска тоже стоит посмотреть, начинающий сыпаться диск тоже может вызывать похожие эффекты.
