Транзакции по картам технически может обрабатывать одна система, а у кассира, которому Вы их отдали — на мониторе висит совсем другая. Для России это менее вероятно, для заграницы — более.
Причем эти системы часто находятся в разных банках, и между ними могут быть не онлайновые интерфейсы, а файловые, где загрузка раз в час, раз в день и так далее.
И эти чудеса, что весьма вероятно, работают на пределе возможностей имеющегося в наличии железа, из-за чего между загрузкой и обработкой данных придется оставлять некоторое время, сдвигая «тяжелые» процессы на периоды наименьшей загрузки системы.
А когда Вы вносите деньги в cash-in на банкомате с купюроприемником, то есть какой-то шанс, что у Вашего банка в такой схеме зачисление будет обработано хотя бы в той же системе, которая авторизует транзакции, и быстрее.