Недавно был похожий
вопрос
весь бэкап заключается в копировании папки с базой данных
в некоторых случаях возможен такой вариант, главное - логи не потерять...
Бэкапить можно и средствами Windows Server Backup, но там есть нюансы, особенно, если у вас используется DAG. При использовании WSB вам придется восстанавливать базу целиком в Exchange Recovery DB и дальше доставать нужные данные.
По-хорошему, нужен бэкапный софт (например, Veeam, NetBackup, SC DPM и т.д.), который умеет бэкапить базы Exchange (при этом удаляются логи почтовой БД, а данные из них переносятся в почтовую БД). Основной плюс таких решений - они умеют делать гранулярное восстановление (нет необходимости восстанавливать базу целиком).
Бэкап самого Exchange - это, по сути, system state (а оно надо?) плюс основные настройки Exchange (настройки виртуальных каталогов, доменов, коннекторов и т.д.), которые проще выполнять регулярным скриптом. Ну и восстановление Exchange - это накатывание сохраненных настроек обратно плюс добавление сертификата. Иногда проще и быстрее поднять новый Exchange с нуля и накатить настройки, чем выполнять восстановление.
P.S. Я по началу тоже бэкапил сами сервера Exchange (system state) , потом перешел на регулярный бэкап только настроек Exchange (скриптами). Ну а почтовые БД бэкапились всегда отдельно - сначала с помощью WSB, потом NetBackup/DPM/Veeam