А нет никакой проблемы - доменные политики так работают.
1. Вы, как я понял, хотите увидеть изменения через GPEDIT - а он читает файлы registry.pol с настройками локальных политик из двух каталогов:
%SystemRoot%\System32\GroupPolicy\Machine\registry.pol
%SystemRoot%\System32\GroupPolicy\User\registry.pol
2. Доменные политики не перезаписывают указанные выше файлы от GPEDIT.
3. Файлы registry.pol всех примененных доменных политик кэшируются в каталог %windir%\System32\GroupPolicy\DataStore\0\SysVol\mydomain.loc\Policies. При этом каждая политика хранится в отдельном каталоге с GUID доменной политики.
4. Правильный инструмент для проверки применения доменных политик - это GPRESULT, как сказал
MVV.