Вам точно нужно уменьшить именно whitespace (т.е. выпонить дефрагментацию БД), а не удалить из базы п/я, которые в ней остались в состоянии SoftDeleted (их можно увидеть командой Get-MailboxStatistics в EMS для БД, где они были)? Если нужно на самом деле удалить оставшиеся п/я (которые там по умолчанию болтаются упомянутые 30 дней), испольуйте команду
Remove-StoreMailbox.
PS Дефрагментация же БД (онлайновая) идет сама по себе своим чередом и обычно кушать не просит. Ну а автономная (offline) дефрагментация, с помощью eseutil - это вообще средство на крайний случай.