Немного советов от человека, который на CodeIgniter собаку съел.
В CodeIgniter очень хорошая расширяемость, проанализируйте код, найдите общие моменты и сделайте рефакторинг кода, вынесите общие методы из моделей в свои типы моделей (можно унаследовать у MY_Model), с контроллерами так же.
Views файлы надеюсь разбиты на папки контроллеров, если нет, то надо разбить. Весь JS вынести так же в отдельную папку и по своим файлам так же.
Причесать код сведя контроллеры к минимуму действий.
На модели в CodeIgniter есть инструмент тестов, вполне хватающий для тестирования их.