Почему Windows загружается с Windows Boot Manager, а не с SSD?
Это невозможно. Windows Boot Manager это программа, которая запускает Windows, хранится эта программа, на диске, сама Windows тоже на диске.
всё работает отлично, но тот факт, что bios не распознает, что у меня стоит SSD
Вы вероятно что-то путаете.
Если bios не распознает диск, то вы никак не сможете поставить на него систему. Если же вы поставили на него систему, значит распознает.
ноутбук стал работать более шумно, при сёрфинге иногда куллер работает слишком сильно
Диски на кулер никак не влияют. Смотрите кулер.
Возможно SSD с ос установленны не правильно?
Возможно. Но проверить очень просто. Если ОС загружается значит все установлено правильно.
Режим AHCI включён на уровне Windows (в bios функции таковой нет).
Режим AHCI включается в bios, в Windows вы можете просто добавить драйвера для работы с ним.
Ноутбук у вас свежий, он скорее всего банально не поддерживает старые интерфейсы, поэтому и выбора нет. Там только AHCI