Как инженер-ПТО строительно-монтажной фирмы выскажу свою ИМХУ, согласно своего личного опыта и как было понято мной Ваш пост:

Начинать необходимо в первую очередь с концепции и понимания и формализации Ваших желаний в некоторое подобие ТЗ. Ваш вопрос имеет более глубокие корни, нежели Вы озвучиваете на техническом форуме. Ответ на вопрос вкратце можно разбить на 2 ветки:

1. Ветка техническая. Инструменты для организации документооборота.
1.1 Здесь начинать необходимо с грамотного Системного Администратора и вложений в рабочие ПК, Сеть, Сервер и Переферийные устройства. Здесь так же необходимо приучать сотрудников работать с сервером и хранить вплоть до черновиков только в специально отвведенных для этого каталогах (сетевых папках). Директор на моей первой работе говорил, что самое ценное что есть в его фирме - это жесткие диски с данными (проекты, бухгалтерия, документы, сметы и т.д. и т.п.)

1.1.1 Как правило на сервере (который имеет в свою очередь систему защиты информации и обязательно работающую систему резервирования данных - бэкап) создается структура папок под Договора, Отделы, доукументы и письма. При желании можно обязывать людей заполнять дополнительные бумаги и таблицы регистрации, листы согласования и вести их учет. Воспринимается, как правило, сотрудниками негативно, по разным причинам, в т.ч. и объективным.

Затем настраивается 1С, ее пользователи и через учетные данные в базу заносятся как первичная бухгатерская документация, так и выписываются стандартные бумаги, вроде с/ф, счетов, а так же составляются и отслеживаются расходование бюджетов, статей финансирования, поступления денежных срадств по договорам, поступление и списание материалов и т.д. и т.п.

Как правило сметчики (ПТО) являются связующим звеном между теми кто обслуживает денежные потоки (бухгалтерия), теми от кого поступают деньги (Заказчики) и теми кто непосредственно их зарабатывает (линейный персонал и рабочие).

В этом месте стоит кадровая структура фирмы и ее специалисты. Здесь все просто - нормативная литература и MS Office.

1.2 Софт, используемый в строительстве, давно известен и представляет из себя некоторый джентельменский набор вроде:
MS Windows (операционная система - как правило для всех, но встречаются внедрения Linux, но крайне редко), 1C (для финансов), MS Office (для составления и правки документов), инженерные комплексы (Компас-3D, AutoCAD, ArchiCAD, SCAD, Grand-Smeta и т.д. и т.п.), базы нормативных документов (Гарант, Консультант, Norma CS и т.д. и т.п.) Их настройка, применение и обучение навыкам давно изученная тема, решают которую, как правило, Системные Администраторы за Ваш, уж простите, счет (софт стоит денег).

1.3 Изобретаемый велосипед и прочие новации, некоторые из которых очень даже упрощают жизнь, а именно - как правило введение дополнительных программных продуктов как свободных, так и платных и пишущихся/дорабатываемых под заказ, например то - с чем только я сталкивался:
- установка различных wiki движков, для организации корпоративной базы знаний (энциклопедии);
- внедрение разного рода CMS, в которых руководители отдают формальные приказы подчиненным и отслеживают статистику выполнения задач, а так же загруженность сотрудников (встречает яростное скрытое сопротивление офисных работников);
- изобретение велосипеда путем программирования форм Excel/Acsess для создания электронных инструментов для производителей работ (мастера/прорабы) для ведения ими отчетности и исполнительной документации (Акты, всевозможные свайные журналы, журналы монолитных работ и т.п., Журнал входящего контроля, месячно-суточные графики, привязанные к договорам и еженедельная отчетность по ним с привязкой электронных табелей);

2. Организационная структура фирмы/предприятия. Разработка и создание (организация), максимально эффективное использование (управление) и контроль социально-экономических систем.

Здесь опять же вопрос можно разбить на две части:
2.1 Организация производственных процессов. (практика)
2.1.1 Это те специалисты, которые вычленяют из авральных работ рутинные процессы и формализуют их. Это специалисты СМК, стандартизации, охраны труда, юристы и т.п., т.е. все те, кто могут составлять, формализовать и изменять структуру фирмы (естественно согласуя с высшим руководством), те кто совместно с руководителями отделов/направлений и руководством отслеживают ее болезни, вносят коррективы, а так же не забывают вводить изменения/нововведения и отменять устаревшие принципы. Это различного рода инструкции, приказы, уставы, трудовой- и кол.-договора, стандарты и т.п.

2.1.2 Отдельно хотел бы сказать про мотивацию сотрудников и психологический климат в коллективе. Буду краток: пущенные процессы на самотек приводят к тому, что скрытые конфликты выливаются в мотивацию для ухода ценных специалистов. И в то же время я видел и знаю ситуации, когда люди дорожили именно отношенийми и в трудную минуту вытаскивали предприятие. Люди ценят Внимание, как бы ни банально это звучало.

2.2 Организация производственных процессов. (теория)
2.2.1 Здесь можно и нужно говорить об обучении как сотрудников, так и руководства не только согласно нормативов и стандартов для СРО, но так же и курсы повышения квалификации, возможно дополнительное образование, выписывание переодических изданий и даже организация автоматической рассылки для сотрудников на основе открытых и закрытых источников согласно новостей и изменений в отрасли, согласно их специальности.

ЗЫ.
Вы хотите быстрый и понятный документооборот, однако это относительные характеристики, а не качественные, т.к. не понятно что именно Вы в них вкладываете. Я знал организации, где весь отчет между большинства сотрудниками и бухгалтерией сводился к заполнению табеля сотрудником/прорабом с расчетом им же по тарифу заработной платой. Сейчас я работаю в организации, где любую бумажку необходимо заверять и заносить в журналы ведения и учета этих бумажек. И, судя по нововведениям, руководство считает что это еще не предел.

Что бы понять процессы - необходимо знать как хотит бумажка, как отдаются распоряжения и выполняются приказы, познакомиться хотя бы обзорно с работой сотрудников, которые составляют эти бумаги/выполняют работы, потому что проблемы управления, как подсказывает мой опыт, кроются в деталях, которые остаются за написанным текстом, например не все могут выдержать бешенный ритм работы, другие успевают развязать, в силу характера, интриги, третьи бьются как рыбы об лед об структуры ушлых генподрядчиков, четвертые делят работу и обязанности, например в моей нынешней организации счета и счет-фактуры, списание материалов проивзодит ПТО, а так же ведет и составляет бюджет на развите парка ПК в конторе... т.е. бывают как субъективные, так и объективные причины.

ИМХО, если Вы не понимаете до конца или с Вами рядом нет грамотного сотрудника, на которого можно положиться как на специалиста в вопросах структуры - форумы и сайты не дадут внятного ответа на этот вопрос.