Очень зависит от того, разработка чего ведётся. Сегмент (b2b/b2c), не-/нагруженное, сайтик/веб-приложение/интернет-магазины/большой портал... И так далее. Из общего можно выделить:
- sql, как вы сказали - напрямую к РНР не относится, но знать его и СУБД точно придётся (в основном, MySQL, PostgreSQL, иногда Oracle, MSSQL).
- фреймворки - для любой более-менее серьёзной разработки. Наиболее распространённый зоопарк: Yii/Yii2, Symfony2, Zend, сейчас нашумел Laravel (не пробовал), иногда CakePHP.
- разные CMSки для сайтов и особенно для интернет-магазинов. Если сегмент требует, изучайте.
- для нагруженных проектов - memcached, APC, RabbitMQ, всевозможные NoSQL (Mongo, Redis). Понимание тонкостей Apache и Nginx.
- cron
- контроль версий - в основном сейчас git, используется также svn.
Из книжек никогда ничего не читал, кроме php.net (это прям "настольная") и гугла. Наверное, это неправильно. Но я очень не люблю учить программирование по книжкам - у меня как-то всё сразу забывается. Поэтому я по ходу необходимости почитываю разные статейки / ответы на вопросы.