Вы что-то напутали,
Atan вадает углы против часовой стрелки.
Вот только угол идет от -pi до pi, а не от 0 до 2pi. Если вы хотите, чтобы первая точка была {1, 0}, то надо к отрицательным углам прибавлять 2pi перед сравнением.
Это будет работать, но не очень оптимально. Atan - медленная штука. Можно сравнивать знаки координат сначала.
Если одна точка с положительным y, а другая с отрицательным - положительная идет раньше. Если одна из точек имеет y=0 или знаки одинаковые - сравнивайте знаки по x. Выше и ниже оси OX - сравнения должны давать разные выводы (выше оси OX, положительные x идут раньше отрицательных, ниже оси OX - наоборот).
Или для каждой точки в зависимости от двух знаков координат надо назначить квадрант от 1 до 4. И сначала сортировать по ним.
Если же точки лежат в одном квадранте (знаки одинаковые) то можно сравнивать их с помощью
векторного произведения векторов. Подстовляете туда координаты двух точек и, если значение положительное, то первая точка лежит раньше второй. Нулевое значение - значит они на одном и том же углу. Если отрицательное - перовая точка лежит позже второй.