Организовать в виде табов, как в аське/скайпе/ирке или других IM:
[User1 +2] [User2 & User 3 +6]
Коммен... Комментарий от....
Применить зум к дереву, новые комментарии большие и хорошо читаются, а старые скукоживаются (чем старее тем он меньше и более тусклый), если надо разворачиваются маусскролом.
Цепь ответов идёт не сверху вниз, а справа на лево. Каждый коммент thread выглидит как цепь справа на лево, пользователь видит новые комментарии сразу, а за старыми по цепечке нужно скролить направо.