Karpion

Это зависит от того, какой командный интерпретатор принимал команды. Например, при работе через Deco Commander, по выходе из программы-оболочки история команд очищается. А вот шеллы типа bash или csh хранят историю команд в файле, подробности зависят от настроек.

Я не понял, зачем запускать python-скрипт через shell.

Не хотите вечного цикла создания и открытия shell - просто не делайте такого цикла.

Ну, я бы запустил на машине TeamViewer и стал бы отслеживать его активность. Потом банил бы сайты/серверы, к которым были обращения с этой машины.
Не исключено, что TeamViewer умеет изворачиваться - например, использовать какие-нибудь прокси.

Если NAT делает подвластное Вам устройство - можно настроить проброс портов внутрь сети. Сделать это можно для всего мира (т.е. любой желающий сможет законнектиться к устройству в локальной сети); или не для всех, а для избранных IP-адресов.

Можно настроить не проброс портов, а SSh-туннель. Мануал есть на Хабре, искать по слову "ssh". Инициировать SSh-туннель может и Ваш VPS, и устройство в локальной сети.

Можно настроить VPN от устройства в локальной сети к Вашему VPS. Инициировать VPN-соединение должно устройство в локальной сети.

Вы бы дали пару примеров, чтобы было что обсуждать.

Наверно, авторы системы хотели, чтобы какие-то файлы были доступны по нескольким именам.

Я не понял, что Вы хотите. Особенно - фразу "считывает её строку".

Думаю, Вам надо перехват/перенаправление ввода/вывода.

Очевидно, команда taskset действует только на запущенный из неё gameserver. Т.е. это надо делать при каждом старте компьютера.

Без списка нужного софта - незачот.

Значительная часть Windows-софта - работает под WINE.

Ну, я бы начал с проверки конденсаторов на вздутие и с удаления пыли. Я всегда с этого начинаю.

Далее я бы попробовал отключить один из дисков и посмотреть, изменится ли скорость работы операционки на втором диске. И наоборот.

Хорошо бы посмотреть загрузку не только процессоров, но и памяти (не указано количество), и дисковой подсистемы, и сети.

При записи ISO - надо указать, какой файл там загрузочный.

Если есть два хоста - то трафик может очень часто переключаться. Вплоть до одновременного выполнения разных запросов там и тут. Так что идея сбрасывать кэш - так себе; особенно в силу того, что неясно, на каком из хостов Вы сбрасываете кэш, и зачем это вообще надо делать.

Мне кажется - без разницы, какое имя задавать. Лишь бы оно в прямом и в реверсном DNS было прописано так же.
(Реверсную запись может задавать провайдер - тогда её можно проигнорировать.)

Про "другого софта" - надо смотреть, зачем он просит почтовый домен. Думаю - надо указать любой, на который правильно приходят письма.

Ну, тут явно требуется ликбез.

Антивирус - это программа. Изначально во времена DOS - антивирусы были только сканеры: программа просматривала оперативную память и диск, ища то, что похоже на вирусы. Позже - появились резидентные антивирусы, которые отслеживают активность вирусов.

Антивирусный сканер, ищущий вирусы только на диске - достаточно легко портируется на почти любую операционку, поскольку он работает исключительно стандартными операциями работы с файлами; нестандартными являются операции доступа к областям диска, которые не являются частью файловой системы, типа MBR.
Поиск вирусов в памяти и резидентная работа антивируса - портируются очень сложно, поскольку соответствующие механизмы сильно различаются в разных операционках.
К счастью, Вам для Вашей задачи нужен только поиск вирусов на диске (флешка в данном контексте эквивалентна диску).

Самый простой путь заключается в том, чтобы использовать простейший сканер с флешки - типа "DrWeb CureIt!". Это - минимальный Linux и программа от DrWeb.
Недостаток - эта система не имеет автоматического обновления, её нужно обновлять вручную.

В принципе, можно поставить на машину Linux; а в виртуалку поместить образ загрузочной флешки или загрузочного CD-ROM (реальный CD-ROM работает медленно, но для образов это неважно). Ну и сам Linux будет по мере необходимости скачивать свежую версию антивируса.

Ну, я бы посмотрел, сколько потоков порождает программа, и сколько ядер они занимают. Если у Вас на компьютере ядер примерно столько же, во сколько раз различие скорости работы - то имеет смысл смотреть именно сюда (я предполагаю, что WINE может задействовать только одно ядро).

Программа выполняется пакетно, как консольная утилита? Или она графическая?
Может, запустить её через команду time - посмотреть, что та скажет?

Есть масса причин, часть тут назвали.Добавлю:

1. Открытость. К системе с открытым кодом - больше доверия.
   
2. Разнообразие. Есть много дистрибутивов Linux, можно выбрать по себе. Для выполнения задач - можно выбрать из многих инструментов (почтовых серверов - штук пять).
   
3. Совместимость с иными видами Unix. Можно перейти с Linux на FreeBSD, Solaris и много чего ещё.
   
4. Квалификация админов. Порог вхождения в Linux - существенно выше, чем в Windows. Поэтому меньше риск нарваться на криворукого фуфлодела.
   
5. Лучше документация. А если документации не хватает - можно посмотреть исходники.
   
6. Меньше вирусов.
   
7. Меньше потребность в ресурсах. Впрочем, на тяжёлой нагрузке - ресурсы требует задача, а не сама система.
   

FreeBSD без графики - вполне нормально должен работать. Правда, сетевуху надо бы пропить по списку совместимости.

На такой памяти - лучше ставить 32-битную версию, ибо в ней указатели занимают меньше места.

Честно говоря, я не понял, зачем вообще надо делать так сложно. Ибо монтировать initrd - ничуть не проще, чем монтировать дисковую корневую систему, ведь в любом случае надо монтировать. А ещё неясно, зачем так скрипт - и соответственно, его интерпретатор.
Команду "монтировать корневой раздел только для чтения" - можно выдать из загрузчика, он же передаст все параметры, т.е. выполнит работу, которую обычно делает программа mount.
Держать на диске два экземпляра корневой системы (один для загрузки в RAM, второй для нормальной работы) - так себе идея.