Ну, тут явно требуется ликбез.
Антивирус - это программа. Изначально во времена DOS - антивирусы были только сканеры: программа просматривала оперативную память и диск, ища то, что похоже на вирусы. Позже - появились резидентные антивирусы, которые отслеживают активность вирусов.
Антивирусный сканер, ищущий вирусы только на диске - достаточно легко портируется на почти любую операционку, поскольку он работает исключительно стандартными операциями работы с файлами; нестандартными являются операции доступа к областям диска, которые не являются частью файловой системы, типа MBR.
Поиск вирусов в памяти и резидентная работа антивируса - портируются очень сложно, поскольку соответствующие механизмы сильно различаются в разных операционках.
К счастью, Вам для Вашей задачи нужен только поиск вирусов на диске (флешка в данном контексте эквивалентна диску).
Самый простой путь заключается в том, чтобы использовать простейший сканер с флешки - типа "DrWeb CureIt!". Это - минимальный Linux и программа от DrWeb.
Недостаток - эта система не имеет автоматического обновления, её нужно обновлять вручную.
В принципе, можно поставить на машину Linux; а в виртуалку поместить образ загрузочной флешки или загрузочного CD-ROM (реальный CD-ROM работает медленно, но для образов это неважно). Ну и сам Linux будет по мере необходимости скачивать свежую версию антивируса.
Средний
Средний