НАчните не с задачи, а с методологии. Скрам, канбан, водопад, еще какая нить дичь. Потом продумайте что вы хотите от этой системы более детально - статусы задач, нужны ли вложения, нотификации на почту, автоматизации. Опять таки планирование как будет вестись, нужен ли Гант, фильтры...
Если все это для вас ни о чем - наймите ПМа или используйте трелло
можно ли было бы потенциальным будущим организациями не набивать типовых шишек, проходя этот тернистый путь и наступая +/- на те же самые грабли, что и масса других организаций, сосредоточившись с первых же дней на процессах и их наладке?
А нормальные организации так и делают - они с первых дней нанимают CTO, PM, HR и прочих руководителей С ОПЫТОМ, не жалея на это средств. А ие уже обеспечивают все то, что вы написали.
Можно завести confluence или аналоги - обычно что то простое есть с таск-трекером.
Можно в целом md-файлами прямо в проекте, особенно если пользуетесь гитхабом - он их автоматом подтянет.
Связь задач/подзадач и веток - сугубо внутренняя политика каждой конторы/программиста. И советовать в данном случае сложно - неизвестен дальнейший воркфлоу задач/подзадач. Например, если у вас подзадача проходит отдельно тестирование - то для нее по идее нужна отдельная ветка.
