Начинают обычно с диздока. Потом по диздоку формируют архитектуру, ее превращают в фичи и таски. А потом садятся и программируют, программируют, программируют... И тут фигась - игра получилась.
А инструменты для этого - любой текстовыйредактор для диздока, любой таск-менеджер для тасков, любая IDE для ЯП.