Это ужасный вариант.
Вообще все зависит от целей обучения. Если вам надо научится на CMS разрабатывать сайты - то лучше практики ничего не придумаешь.
Если вам надо разобраться во внутреннем устройстве, например чтобы написать свою CMS, то лучше разбирать не с index.php, а по функционалам. Берете какой то функционал - например формирование ЧПУ, роутинг - и уже его ищете в структуре и пытаетесь понять почему так а не иначе.