придерживаюсь но не соблюдаю на 100%. Я больше пытаюсь адаптировать свой код к грядущему релизу Angular2. Если придерживаться стайлгайда - то переход будет проще.
конкретно момент описанный вами - не верная трактовка. Вы не полностью привели код:
/* избегайте этого */
angular
.module('app', ['ngRoute'])
.controller('SomeController', SomeController)
.factory('someFactory', someFactory);
function SomeController() { }
function someFactory() { }
если переместить SomeController и someFactory (и сделать их классами и фабрику заменить на просто класс) в отдельные файлы - то вы ничего не нарушили. У вас реализация будет в отдельных файлах, а регистрация в одном месте - в модуле. Все счастливы.