Apache Cordova не интерпретирует HTML и CSS код.
Интерпретация HTML и CSS происходит непосредственно на мобильном устройстве.
По этому правильнее поставить вопрос так:
Поддерживает ли устройство flexBox?
Если посмотреть скомпилированный Apache Cordova проект, то можно обнаружить в нем каталог www, в котором находятся .html и .css файлы проекта. Далее эти файлы открываются, как в браузере, и интерпретируются тоже тем же способом (т. е. на стороне устройства).