1) Большинство (если не все) лицензионных соглашений запрещают не только установку, но и использование контрафактного программного обеспечения. Т.е. использовать ПО, узнав о его пиратском происхождении, уже нельзя. Таким образом ссылаться на то, что ПО было установлено другим специалистом, практически бесполезно.
2) Маленькие компании считают, что они никому из проверяющих не нужны, большие - что у них "всё схвачено и все подмазаны". Чушь. Знаю о небольшом предприятии (порядка 200 сотрудников) пищевой промышленности в маленьком городе (50-70 тысяч населения), которое тряхнули за пиратский софт. Почему их, не знаю; рядом десятки таких же предприятий с тем же уровнем лицензионного порядка. На крупном предприятии в случае проблем как раз виновный будет один сисадмин, так как у руководства "всё на мази", а сисадмин - паршивая овца на абсолютно законном предприятии.
3) Любое письменное обращение к руководству с требованием/прошением/предупреждением о нелегальном программном обеспечении подтвердит информированность специалиста о наличии пиратского ПО и его понимание незаконности действий.
IMHO, если увольняться не вариант, то как минимум не устанавливать ничего лично; информацию донести до руководства, но в недокументированной форме, чтобы потом ещё больше не встрять.
Маловероятно, но гипотетически, если в должностной инструкции указано, что специалист устанавливает программное обеспечение, предоставляемое работодателем, работодатель становится заинтересованным лицом.