Смотря в какое время Вы работаете. Проверил на себе.
— Если днём с хорошим освещением, то «черное на белом» даёт меньше нагрузку на глаза.
— Если ночью с минимальным освещением, то «белое на черном» даёт меньше нагрузку на глаза.
Отмечу, что «белое и черное» — это условная освещённость, а не цвета. Я, например, использую светло желтый и тёмно синий.