Для глаз, если не ошибаюсь, важна низкая суммарная яркость картинки (чтобы монитор ни в коем случае не был доминирующим источником света в поле зрения) и при этом высокая контрастность (чтобы не приходилось дополнительно напрягать зрение, пытаясь различить неразличимое).
Также слышал, что ярко-зеленое на черном лучше всего. Не проверял.
А меня устраивает стандартная цветовая схема FAR (и colorer-take5), когда окно во весь экран, с шрифтом в 18-20pt, со смягченными относительно стандартных цветами и во весь экран в графическом режиме (выходит 40 строк где-то, использую ConEmu).
Какое-то время назад я пробовал переносить ее во все используемые среды, включая MSVS. Получилось довольно грустно. Имхо, для MSVS лучше оставить стандартную.