2. Есть
Eclipse Regexp (возможно и ещё какие-то)
3. String manipulations это похоже на
плагин AnyEdit
4. Группировка брейкпоинтов существует, это специальные working sets.
Хотя у меня никогда их не было так много, чтобы пришлось их искуственно групировать. Там ещё есть группировка по типу, файлу, проекту и т.п.
5.
Eclipse Explorer, кажется были и ещё такие же похожие