Не знаю как на гит, но на свн можно приделать препроверку перед комитом =) и проверять <тут подставить нужное>. В Вашем случае лучшая проверка /[\w\-]+/. Не нужно бороться с ветром, запретите такие файлы, или дайте люлей тому кто такие файлы комитит. Это, мне кажется, лучший вариант.