Начинал с Netbeans — вполне устроило, вполне решает все задачи IDE, тем более на начальном уровне полностью покрывает все потребности. Для больших проектов тоже в самый раз. Потом одно время не писал, а потом понадобилось писать под андроид. Оказалось, что есть плагин под eclipse — ну не долго думая применил его — тоже все красиво и аккуратно (но большие проекты на нем не писал, но для начала вполне). В результате даже для работы на перл сейчас перешел на eclipse.
Так что тут без разницы с чего начинать. Пробуйте один проект на одном, другой на другом. А там разберетесь, что больше нравится.
А из книжек — Шилдта почитайте, вполне так ничего.