> 1) Эффективность и объемы использования оперативной памяти
Не знаю что сказать даже, для подобных платформ вопрос, ИМХО, лишён смысла. И по отдельности охарактеризовать «эффективность и объёмы использования памяти» практически невозможно. В винде, полагаю, у .NET с этим лучше, чем у Java.
> 2) Размеры бинарников
Без учёта среды? Сравнимые.
Плюс тем более, раз это desktop-приложение. Моё мнение: .net — выбор хороший, если винда онли. Остальное я бы на Java писал. Например, swt.