Если речь идет об одностраничном документе, то в платформе 1С реализована встроенная работа с форматами XLS, XLSX и ODS - их можно прочитать с диска, обработать, заполнить недостающими данными и записать назад в своем же формате или в каком-либо другом из вариантов табличного документа (для записи диапазон уже значительно шире чем для чтения: ANSITXT, DOCX, HTML, HTML3, HTML4, HTML5, MXL, MXL7, ODS, PDF, TXT, XLS, XLS95, XLS97, XLSX). Поскольку этот функционал базовый, то он работает кроссплатформенно на всех поддерживаемых операционных системах - семейство Windows (от XP до 10), OS X, Alt Linux, Astra Linux, Fedora, Mint и Ubuntu.
Если же вам нужно работать с несколькими страницами в книге Excel, то тут уже придется оперировать вызовами методов Microsoft/Open/Libre-офисов.
Еще как вариант, поскольку платформа 1С имеет открытое API для интеграции, то можно написать программу на любом другом языке программирования, которая будет запрашивать данные из учетной системы и заносить их в листы Excel. Вплоть до внедренного VB-макроса в сам документ Excel.