ребутить можно в любом случае - хуже не будет.
Чекдиск можно запустить, если раза 3 прогнать и ошибки не устранит, то как вариант ghost ом например сделать заркальный диск с этого. Если данные хочется сохранить и ОС не переставлять. Можно Cristal Disk info в Windows PE (recovery mod'e) посмотреть смарт статус если Критический то можно подумать о замене диска. если нет, то можно форматнуть раздел и снова ОС поставить, а данные слить .