Если вам зальют файл mp4 у которого информация о контейнере только в конце файла, то хрен вы что сделаете с бинарной информаций, нет сведений ни о чем. Даже если вы умудритесь кодировать файл, то суть кодека h264 в би фреймах, где кодируются кадры насквозь. Берется пакет картинок из 24 штук, далее вычисляются вектора перемещения пикселей — статические остаются на месте и еще куча всего… Вы на склейке если глюки в звуке не получите, то квадраты по картинке точно. Это в приницпе нарушение логики h264 алгоритма то что вы хотите. Хотите быстро кодировать, используйте крутое железо и заточеные алгоритмы под него. Таже самая технология cuda даст прирост огого.