Самое главное - это голова со знаниями, которые накапливаются с опытом. Многие почему-то не пользуются такой мощной штукой как назначение прав доступа к файлам, а между прочим - это мощный инструмент в борьбе с назойливыми вирусами, троянами и всякими маил.ру защитниками, амигой и т.д. Просто отбираем право на запуск у файлов и завершаем задачу через штатный диспетчер задач. После чего файлы можно сносить а папкам в которых они находились назначить запрет на всё для всех. Больше эта гадость не проникнет - банально не сможет положить свою тушку в привычные места. И не работать под администратором.
Да, перед чисткой обязательно сделать копию раздела штатными средствами или акронисом, даже если понадобится переустановить систему, некоторое время после могут понадобится забытые файлы...
А утилиты... они по большому счёту не нужны, и даже вредны если ты не знаешь как они работают и ЧТО делают. Практически все действия можно сделать вручную через командную строку и редактор реестра единственный ньюанс что некоторые действия могут быть банально ресурсоёмкими для ручной работы - проверка всех дескрипторов OLE-объектов в реестре и т.д. но я бы автоматической чистке не доверял - что-то да удалит посчитав лишним(было дело, чистильщик думал что в реестре записан путь который ведёт в недоступное место и удалял эту запись, а там совсем не путь к файлу лежал), а оно понадобится лишь через пол года и система будет выдавать ошибку при попытке установить программу которой эта фигня понадобится. Поэтому автоматическую чистку реестра лучше не делать, если дела совсем плохи проще переустановить систему. Но чистильщик можно использовать как подсказку что делать - выполнить только сканирование и посмотреть что он предлагает сделать.