При чём тут R? Вы сами этими алгоритмами уже пользуетесь? А, может, таких и вовсе нет?
Напр., есть муравьиный алгоритм. Это метод оптимизации. Что же касается роя пчёл, вы бы пояснили, в чём суть. Напр., есть поведение стаи птиц или рыб. Это уже не оптимизация, а взаимодействие с соседями по движению.
Что понимать под эволюцией разума? Есть генетический алгоритм, который является методом оптимизации. Или вам нужно структурирование знаний?
Постарайтесь не закидать нас умными терминами, а возьмите одну проблему и поподробнее её опишите.