Есть два способа (на самом деле три):
1. Пойти по легальному пути. Зарегать бизнес-аккаунт у Facebook, пройти верификацию, зарегистрировать WhatsApp-номер, подключить интеграцию через какого-нибудь провайдера API и работать через него. Характерный признак - только для бизнесов, не очень гуманная цена (5-10-15 тыс. рублей только за подключение - легко), рассылка возможна только по одобренным заранее шаблонам. Но зато легально. Для серьёзного бизнеса с большим количеством клиентов наилучший вариант.
2. Пойти по серому пути. У WhatsApp есть Web-версия, народ её расковыривает и учится посылать в Web запросы напрямую, без браузера. Есть как сторонние поставщики такого доступа с вменяемым API (их много, не буду рекламить), так и готовые реализации, в том числе на гитхабе (но надо искать актуальную, чтобы работала). Характерный признак такой интеграции - нужно сканировать QR-код для привязки веб-аккаунта к мобильному приложению, а если пользоваться сторонним посредником, то его цена невелика и не имеет жёстких лимитов по числу сообщений. Есть некоторый риск бана аккаунта, поскольку официально так нельзя, но если быть очень осторожным и не спамить (только отвечать на входящие) - то риск бана минимальный (но я бы всё равно не советовал свой основной и очень важный номер в это впутывать). Такое нередко используют всякие мелкие интернет-магазинчики.
3. Есть ещё оооочень серый путь. На самом деле можно найти полученные реверс-инжинирингом реализации протокола WA, а также ключи, выдранные из официального клиента последних версий. Но за такое очень легко и быстро можно получить бан аккаунта, так что настоятельно не рекомендую (один знакомый потестировал и получил бан аккаунта - к счастью, не основного - чуть ли не в тот же день).
Для первого пути надо смотреть API конкретного поставщика (они разные), для второго найти подходящую актуальную библиотеку с недавними обновлениями или подходящего агрегатора с его собственным API. Третий - лучше не надо.
PS: Flask, ngrok - это всё фигня. Надо начать с того, через что делать эту интеграцию. В браузерном WhatsApp Web нет никакого flask, но сообщения ходят.