Adamos

Во-первых, трудно поверить, что нет кучи готовых решений, разбирающих лог Апача.
Так что задание, очевидно, учебное, на использование языка и понимание, что такое ООП.
Так вот, ООП в РНР - это чтобы один раз сделать грязную работу, и больше в нее не заглядывать, используя готовый и по возможности очевидный интерфейс класса.
У вас же одноразовая портянка, в которой даже имена файлов жестко прописаны в коде, убогие комментарии вместо PHPDoc и вообще ощущение, что ООП вы начали заниматься вчера и считаете его просто возможностью загнать побольше функций в один класс.
Ну, и результат соответствующий. Вам нужно не исправить это решение, вам нужно позаниматься ООП в РНР некоторое время и прийти к соответствующей парадигме в мышлении. А этот класс можете просто выкинуть.

Книга Бытие, 11:1—9. Но там только основные принципы.
А еще Макконнелл, "Совершенный код". Там основные принципы управления связностью и сложностью, и эту книгу в Майкрософт, похоже, читать запрещено.

Для сдачи "лабки", надо полагать, предполагается и формат XLS заодно? Тогда вопрос не имеет смысла, ибо вас учат не математике, а MS Офису.
А так - есть, например, вот такой список: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_...

"Почему так много работы аниматором на утренниках и так мало ролей Гамлета? Я, идя в театральный, по-другому себе это представлял..."
Вот примерно поэтому.

Профессиональные клоуны вам, конечно, расскажут, что утренники - это стабильный доход, а Станиславского оставьте дома. Им важно уговорить себя, что деньги не пахнут и рвотные позывы от результатов собственной работы - это нормально... не будем им мешать.

Имхо, ситувция довольно проста. Вы можете оценить стоимость "обеления" ПО, хотя бы порядок? Если дать по рукам всем сотрудникам, которым позарез нужен Фотошоп для личных фоточек, пересадить с MS Офиса на Либру всех, кто не завязан намертво на макросы, и на Линукс - всех, кто работает только в интернете-почте-офисе?
Озвучьте эту сумму руководителю устно. Если он не готов найти эти средства - сразу сваливайте. Потому что в обвинении, которое будет вам предъявлено, будет другая сумма - на все, что сейчас стоит, и ее явно хватит на статью для вас лично.

Если вдруг диалог с руководством возможен - тогда имеет смысл писать служебку с описанием текущей ситуации, подробным обоснованием той самой суммы и мероприятий по ее достижению, которые должны быть санкционированы руководством, чтобы сотрудники не могли просто послать вас лесом в процессе осуществления этих мероприятий.

Просто погугли эту ошибку. Не нужен ему никакой доступ.

Это же элементарно:
1. Поставить Xubuntu, переместить панель вниз, выбрать менее унылую тему из коробки. Меня, например, устраивает Clearlooks с оформлением окошка Default. Можно еще заменить Thunar на PCManFM, но если вам милее Проводник - не обязательно и это.
2. И хотя бы месяц поработать в ней, не обращая внимания на то, что это не винды.

"Хочу стать мастером спорта. Посоветуйте, что почитать".

Для программ под настольные ОС Си в принципе уже лет тридцать как не особенно распространен.
Если же вы собрались писать что-то настолько хардкорное, то неужели сами не справитесь найти под любую ОС компилятор, поддерживающий нужный вам стандарт?

В PHP можно не плодить функции на каждый чих просто из-за того, что у них разные аргументы. Например, так:

$input = SmartInput::parsePost([
  'id' => SmartInput::INPUT_INT,
  'sex' => ['type' => SmartInput::INPUT_ENUM, 'enum' => ['male', 'female', 'none'], 'default' => 'none'],
  'birthday' => SmartInput::INPUT_DATE_OPTIONAL,
  'phone' => ['type' => SmartInput::TYPE_PHONE, 'multiple' => true]
]);

Внутри функции - цикл и case.

На моей памяти ВОМ был действительно нужен только в одном случае: для компиляции UTF-8 исходников в ВижуалСтудии, криворукие программисты которой не справились с автоматическим распознанием кодировки и не осилили сделать настройку, которая позволила бы пользователю задать кодировку принудительно.
В вебе про этот костыль лучше просто сразу забыть. Если проблемы с ним - значит, вы что-то неправильно делаете.

HTML-портянка со вставками %ПОД_ЗАМЕНУ%. Любой офис ее откроет, как родную.
А прогиб именно под M$-офисный формат в данном случае - первый шаг на Темную сторону.

Замените слово "файл" на слово "информация" - и, возможно, окажется, что вам не нужно ни хранилище, ни эксплорер, ни винды. А достаточно браузера и веб-сервиса.
Вопрос, откуда берутся те файлы и как с ними работают.

Не претендуя на правильность - личный опыт.
Сайт представляет собой внутренний продукт для работы. Есть куча данных, с ними нужно работать определенным образом.
Типичная страница - это фильтры выборки и таблица с данными. Да, для их обработки могут применяться какие-то иные интерфейсные решения. Да, страница какого-то конкретного клиента или графики для руководства - это отдельная тема. Однако большая часть рабочих страниц строится именно по схеме "выборка - таблица - работа с ее строками".
Для типовой страницы потрудился написать мини-фреймворк, который строит форму фильтров и таблицу результатов по описанию в форме объекта с известными полями. Большая часть полей приходит с бэкенда - начальные значения фильтров, заголовки столбцов, данные пагинации. Здорово уменьшает работу руками... и дает пользователю единообразный интерфейс. А также позволяет централизованно добавлять плюшки вроде сортировки по столбцам, итоговой строчки и т.п.
Для запросов, ответов и прочего здорово подходит встроенный AJAX framework OctoberCMS. Данные удобно представляются моделями, к которым тот же Октябрь позволяет буквально одной строчкой добавить еще и подгруженные файлы. Если нужно дать админу возможность поковыряться в данных - добавляем описание к таблицам БД, и они отображаются на страницах админки.

Если кто-то хочет попинать велосипед - не стесняйтесь ;)

1. Выгрузить в CSV.
2. Открыть его в любом редакторе, понимающем регулярки.
3. Составить нужную регулярку и запустить поиск.
Минуты три займет, пожалуй...