Adamos

Уличная магия с полным ее... в общем, полным.
У ТП хостера наконец дошли руки до моего тикета... и вдруг все заработало.
Тот же самый запрос выполняется, как положено, за миллисекунды.
В тех переменных, которые можно увидеть по SHOW VARIABLES, никаких изменений не произошло.
Единственная зацепка насчет причин - на старом сервере был MySQL 5.6, на новом - 5.7.
Впрочем, на сервере разработки у меня вообще MariaDB 8, и оно ему ни разу не мешало.

Спасибо за участие, джентльмены. Это было что-то выше нас ;)

P.S. График нагрузки у хостера через неделю. Явно видно, что конкретные запросы были ни при чем...

Загружаете от пользователя PDF и PNG.
ImageMagick для получения картинок экранного качества для того и другого.
Выдаете эти картинки пользователю на странице, маетесь с JS, позволяя перетащить одно относительно другого. Получаете координаты.
В mPDF используете изначальный PDF как фон, на него накладываете PNG по координатам, генерируете новый PDF и отдаете пользователю.

Основа такая. По ходу будут сложности типа необходимости правильно смасштабировать тот PNG - но это уж решайте сами, если справитесь с основой.

З.Ы. А мечты о том, чтобы "редактировать PDF" (и уж тем более сделать по этому поводу что-то свое) выкиньте сразу. Даже создатель формата - гигант Adobe - не смог сделать вменяемого редактора этого формата. Формат изначально заточен под вывод, а не для правки.

Выражение "присвоить константе значение" в коде противоречит и семантике языка, и здравому смыслу.
Почему у вас вообще эти константы в интерфейсе, кто решил, что это константы?
Логичнее завести внутренний массив, в котором константы будут ключами, а значения определяются в конструкторе, и геттер к нему, чтобы использовать их там, где у вас сейчас прописаны "изменчивые константы".

Вы читаете из файла бинарные данные и зачем-то пытаетесь вывалить их на страницу.
Понятно, что получается "не очень".
Если это записанные в файл 4-байтные целые, так используйте unpack, например, чтобы собрать это целое прежде, чем его выводить.

Например, другой сайт, давая на вас ссылку, может не знать, что у вас админы-радикалы, и SEO этой ссылки, по которой никто не сможет перейти, недосчитается.

Роутер имеет не только файловую систему, но и операционную. Обычно, если это роутер для домашнего сегмента - жестко кастрированный производителем и сто лет не обновлявшийся Линукс на древнем ядре, эксплойты для которого в даркнете есть у каждого пекинеса. Роутер может быть как заражен вирусом, который вмешивается в ваш трафик, так и быть включен в ботнет и атаковать сервера в интернете - а вы об этом даже не будете знать, если ваш провайдер не отловит эту активность и не заблокирует ваш канал.

Лечатся такие проблемы (по крайней мере, временно) скачиванием с сайта производителя свежей прошивки для этого роутера и принудительной ее установкой. А еще лучше - подбором какой-нибудь OpenWRT и сменой хомячковой прошивки на открытую, более современную и лучше защищенную от заразы.