Adamos

sudo service apache2 restart
Только Апач должен реагировать на изменение файлов без перезагрузок.

Порядковый номер, небось, еще и сбрасываться должен каждый год?
Например, можно сделать два запроса: INSERT, при котором id таки назначится нормальным авто-инкрементом, и UPDATE, который заполнит отдельное поле number значением

SELECT count(id) + 1 
  FROM orders 
  WHERE id < :currentId AND project_id = 2 AND created_at >= '2022-01-01'

Никакие гонки это не запутают.
А если этот number нужен только в одном месте, его можно таким запросом получать динамически и не хранить нигде вообще.

Если хоть чуть-чуть почитать документацию, трудно не заметить, что при указании относительного пути пых ищет файл в подходящих местах (которые, кстати, не обязательно совпадают с тем, что вы имели в виду).
При указании же абсолютного - не ищет.

#include <iostream>
#include <vector>

using namespace std;

int getInfo(const char* message) { 
    int value = 0;
    cout << message;
    cin >> value;
    return value;
};
int weightLoss(int normal_weight, int weight) { // здесь мы просто определяем на сколько нужно "похудеть"
    int result = normal_weight - weight;
    return result;
};
int main() {
    cout << "Это программа для опреределения, нужно ли вам похудеть." << endl;
    int normal_weight = getInfo("Введите оптимальный ваш вес в кг: ");
    int weight = getInfo("Введите нынешний вес в кг: ");
    if (weight > normal_weight) {
        int result = weightLoss(normal_weight, weight);
        cout << "Вам необходимо похудеть на " << result << " кг";
    };
};

В грамотном, современном, развесистом РНР классы - это весь код проекта вообще, причем большая часть классов "знает свое место" в архитектуре и просто не может валяться где попало. Там подобный вопрос теряет смысл.

В Битриксе же - легаси-проекте файловой CMS - поневоле куча файлов-скриптов с портянками кода, там пых работает и логикой, и шаблонизатором, а в классы может просто выноситься некий функционал чисто ради упрощения кода. Но если такой класс, у которого нет своего места в общей архитектуре системы, используется только и исключительно в этом же скрипте - особенного смысла выносить его в отдельный файл и нет, это уже чистый карго-культ.