Варианта два.
1) Файловая система - древовидная, начинается с корня, и права на все есть только у суперпользователя. Вроде как у совсем старых юниксов, для суперпользователя даже не было отдельной домашней папки - использовался корень.
2) Дерево процессов начинается с ядра системы (процесс init), который запущен от суперпользователя (root), который имеет доступ ко всем процессам.