Количество swap файлов в linux не ограничено. И нет никакой необходимости делать их два или более, важен суммарный размер и наличие главное задачи, в которых этот файл в принципе понадобится (у обывателя таких задач обычно нет).
Создание файла с именем swap не означает что система будет его использовать как файл подкачки.
Файл должен быть проинициализирован 'mkswap <файл или устройство>' а затем подключен (либо вручную до перезагрузки 'swapon <файл или устройство>' либо в /etc/fstab тогда будет автоматически подключаться).
Смело удаляйте свой файлы, когда понадобится, их можно создать и подключить вручную.
p.s. своп файл должен создаваться без дырок (sparse points, они обычно появляются если файл создали без реальной записи данных в него, типа 'dd ... count=0 seek=100500') и не должна использоваться cow файловая система (например на btrfs при создании файла нужно фичу для файла отключать 'chattr +C ...', иначе будет невнятная ошибка при swapon, вроде бы и сжатие тоже запрещено)
p.p.s. случаи, когда swap реально нужен - когда используется софт, который написан отвратительно, данные загружает в оперативную память (объемом больше чем ее в принципе есть) и не использует их или использует очень редко, и обычно с такой ситуацией в принципе никто не сталкивается.
Еще помню был способ использования swap в памяти gpu, когда ее память использовалась системой... ситуации типа такой еще более редки и абсурдны, gpu vram дороже на порядок чем обычная ram, и чаще всего не хватает обычно ее а не ram.
Еще бывает случай, когда на машине работает софт, долго, прерывать который очень не желательно, и возникает разовая потребность в оперативной памяти, и если вдруг памяти будет не хватать, ядро просто убивает 'случайный' процесс... т.е. прогнозируя такое поведение, перед запуском второго приложения, что бы не закрылось первое, можно временно поднять своп...
Цена рабочего своп файла - падение скорости работы на несколько порядков.