в процессоре стоит модуль который генерирует частоты для процессора.
с ПО он взаимодействует набором параметров, которые мапятся на определенные адреса в общей памяти.
если взять описание конкретного процессора то там будут представлены, где какое число записать чтобы получить необходимое изменение.
но операционка, вполне естетсвенно, ограничивает доступ простому пользователю в адресное пространство системных настроек, и управление возможно только через соответствующий драйвер.
обычно это cpufreq и набор параметров в /sys, читай его описание.