к сожалению тут пока без вариантов — NTFS. Виной тому естественно винда, для которой хоть и существуют плагины для работы с ext* но они либо платные, либо работают из ряда вон плохо. В тоже время линукс уже давно вполне прилично работает с NTFS. Хотя не спорю баг есть — каждый раз при перехешировании одного и того же торрента под вин и лин — на винде 100%, в линуксе 99,8%(проверено на нескольких десятках торрентов от 1 до 15гиг), раньше я грешил на альфу utorrent for linux, но сейчас вот задумался что это могут быть проблемы NTFS. Что интересно, даже при 99,8% файлы все равно полностью читабельны — видео играются, архивы распаковываются(без инфы для востановления), игрушки/софт ставится…
Ну а если вы на винте не переносите файлы больше 4гб, то вам может послужить старичок FAT32:)