В первую очередь посмотри на bootsector своего диска. Если это MBR, то скорее всего по этой причине не получается установить Linux, так как новые версии дистрибутивов признают только GPT, в виду того, что MBR устарела. И дело вряд ли в файловой системе как таковой.
Если ты ставишь Ubuntu в дуал бут с виндой, то посмотри через виндовую утилиту diskpart информацию о бутсекторе. Конвертация из MBR в GPT происходит в процессе установки самой винды через GPT, что сотрет все данные на диске. Либо без потери данных через различные сторонние программы по управлению диском (AOMEI Partition Assistant, например), но это уже на свой страх и риск.