Это еще вопрос как вы его форматируете, если вы его примонтировали то его форматировать система вам не даст. Если диск не жалко целеком форматнуть можно поробовать пересоздать таблицу разделов (в gpatted томже оно есть). Но тогда другие диски погибнут. А так я сам не могу понять в чем дело. Может быть что жесткий уже имеет битые сектора на диске, тогда жить ему остается все меньше и меньше, я на таком через день просто разделы терял, они как бы есть, но их как бы нет.