Сайт - комплексный продукт, различные элементы которого возможно охранять различными правовыми инструментами (т.е. в качестве товарных знаков, изобретений, промышленных образцов, программ для ЭВМ, баз данных, других объектов авторского права).
Чтобы документально зафиксировать права на РИД (результаты интеллектуальной деятельности), принадлежащие Вам как заказчику, оговорите их в явном виде в договоре, а после завершения работ максимально детализируйте результат, например, в качестве приложения к акту приемки работ, в котором могут содержаться скриншоты, дерево сайта, блок-схемы алгоритмов, листинги, юзкейсы и т.п.
Затем у Вас будет определенное время на принятие решения относительно способа патентной защиты ИС (шесть месяцев для изобретения, двенадцать месяцев для промышленного образца). В качестве изобретений возможно патентование алгоритмов получения и обработки информации, в качестве промышленных образцов - графических элементов дизайна.
Права на текстовые и некоторые изобразительные элементы сайта можно документально зафиксировать путем депонирования с публикацией или без публикации в депозитории объектов авторских прав (например, такой сервис есть в Российской государственной библиотеке).
Программы для ЭВМ и базы данных можно зарегистрировать в патентном ведомстве путем частичного депонирования в текстовом виде.
Логотипы, названия и слоганы можно попытаться зарегистрировать в патентном ведомстве в качестве товарных знаков (в том числе, объемных, звуковых и т.д.).
Впрочем, главное здесь решить, нужно ли Вам это все, поскольку стоимость комплекса мер по охране прав может многократно превысить указанную Вами сумму на разработку (около 120 – 150k).